大曲酒生产中，不论是制曲还是酿酒，都是利用菌进行自然发酵。由于是开放操作，定制酒，因此在酿造过程中，有众多微生物先后交替、共同作用，土壤、生物及有机物上生长的大量微生物，在风的作用下，随着空气到处传播。当落入适宜的温度、湿度、水分、有营养的基质上时，便开始繁殖。
同时，制曲和酿酒工艺在室内操作，室内地面（尤其是连续在地面上操作，长期与材料接触者）、墙壁、工具、原料以及存放的物品和人员的频繁出入，也给室内空气中的微生物带来了很大的影响。
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微生物体外大小分子营养物质需由胞外酶分解成小分子化合物后，才能被微生物吸收。小分子化合物进入细胞后也要由酶来合成，从而释放能量并获得中间产物。微生物利用这些中间产物和能量组成细胞内各成分，同时排出废物。这种---是---个复杂化学反应的过程，是在酶的催化下有条不紊地按顺序进行着。
大曲是以小麦为主要原料制成的形状较大并含有多菌酶类的曲块。大曲的原理是要大限度地让适合于发酵的或有益的微生物进行繁殖，并代谢形成各种类型的酶类。
酵母菌在发酵酿酒过程中，具有两个十分---的作用，定制酒代理，即酒化和酯化作用。大曲中的酒精酵母能产生活力较强的酒化酶，能将---通过emp途径代谢转化成酒的主要成分——---，这是曲酒重要也是基础的物质。产酯酵母具有较强的酯合成能力，能代谢产生大量的酯类物质，酒厂定制酒，如y酸---等，能赋予大曲酒浓郁的芬芳。大曲中的---主要是球菌和杆j两种类型，多的是乳酸菌，还有---菌、---菌、---菌及甲w菌等，它们生长代谢可以生成乳酸、y酸、---、---等，与---发生酯化，生成对应的酯类，是大曲酒中重要的呈香物质。
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